Patogenesis menyelidiki perkembangan penyakit dan rantai peristiwa yang terkait dengannya, yang selangkah demi selangkah menentukan perubahan morfo-fungsional sel dan jaringan milik organ yang terkena. Perubahan ini dapat disebabkan oleh agen kimia, fisik, atau biologis (virus, bakteri, dll.).
Oleh karena itu kita dapat mendefinisikan patogenesis sebagai mekanisme dimana agen etiologi (agen penyebab, misalnya bakteri atau radiasi) menentukan penyakit. Bukan kebetulan bahwa istilah patogenesis berasal dari gabungan kata Yunani kesedihan, "penyakit", e asal, "ciptaan".
Sementara etiologi mendefinisikan penyebabnya, patogenesis mempelajari konsekuensinya.
Dalam membaca teks kedokteran kita dapat menemukan istilah-istilah seperti: patogenesis mikroba, patogenesis inflamasi, patogenesis virus, patogenesis maligna (kecenderungan suatu penyakit, biasanya tumor, untuk semakin memburuk hingga berpotensi mematikan). Banyak penyakit mengenali faktor penyebab yang berbeda (etiologi multifaktorial) dan bahkan lebih banyak lagi yang dicirikan oleh mekanisme evolusi yang berbeda (patogenesis multipel).