PH tinja biasanya netral atau sedikit basa (6,8 - 7,5). Tinja yang lebih asam, fisiologis hanya pada bayi baru lahir, dapat mengindikasikan infeksi usus (Escherichia coli, Rotavirus) atau gangguan pencernaan, seperti intoleransi laktosa atau lemak (steatorrhea karena insufisiensi pankreas atau stasis bilier).
PH tinja dipengaruhi oleh kebiasaan diet subjek; misalnya, diet yang terlalu kaya daging dan produk susu membuat tinja lebih basa. Flora bakteri usus yang membusuk, pada kenyataannya, menghancurkan asam amino yang lolos dari penyerapan, menghasilkan amina beracun dan berbau busuk; akibatnya, pH tinja cenderung meningkat sebagai akibat dari peningkatan produksi amonia. Oleh karena itu bukan kebetulan bahwa pH tinja yang terlalu basa, disertai dengan penurunan asam lemak rantai pendek (lihat butirat), telah dikaitkan dengan peningkatan risiko kanker kolorektal.
Jika pH feses cenderung meningkat dengan adanya disbiosis pembusukan, pH feses cenderung menurun dengan adanya disbiosis fermentatif, yang penyebabnya dapat ditemukan dalam konsumsi karbohidrat yang berlebihan atau dalam penyerapan yang buruk dari yang sama ( penyakit seliaka). Bahkan di hadapan "asupan lipid yang melimpah, dalam diet vegetarian dan puasa berkepanjangan, pH tinja menjadi asam.
Untuk menghindari distorsi hasil tes, tinja tidak boleh terkontaminasi dengan urin dan harus segera didinginkan untuk mencegah amonia urin dan bakteri pembusuk membuat pH tinja menjadi basa.